Przylega ona do nawy głównej z lewej jej strony. Nie mieściła się w pierwotnym planie kościoła, lecz była krużgankiem, łączącym właściwy klasztor z osobnym mieszkaniem opata, tzw. opatówką. W obrębie świątyni znalazła się w początkach XVII wieku, podczas przebudowy kościoła uszkodzonego pożarem w 1611 r., aby ułatwić dostęp do istniejącej już wcześniej na jej przedłużeniu kaplicy św. Anny.
Z nawy głównej do bocznej prowadzą dwa przejścia, jedno pod chórem, a drugie na środkowym jej odcinku. Na ścianach tego środkowego przejścia znajdują się 2 tablice pamiątkowe: przedwojenna ku czci ks. Stanisława Załęskiego SJ, wielce zasłużonego dla świątyni Matki Pocieszenia, jego staraniem odbudowanej i odnowionej po wielkim pożarze pod koniec XIX stulecia; tablica powojenna na drugiej ścianie upamiętnia nowosądeckie ofiary hitlerowskiego terroru w latach II światowej.
Naprzeciw tego przejścia we wnęce lewej ściany nawy bocznej znajduje się ołtarz św. Józefa z połowy XIX stulecia, do którego obraz sprowadzono z Tyrolu. Przedstawia on Oblubieńca Bogarodzicy z Dzieciątkiem Jezus na prawym ramieniu i lilią w lewym ręku, którą trzyma też Boże Dziecię prawą ręką. W otwartych niszach po obu stronach obrazu są dwie rzeźby ze scenami z nazaretańskiego domu. Rzeźba prawa wyobraża izbę Świętej Rodziny przy pracy: Maryję siedzącą przy kądzieli i Józefa z Jezusem zajętych przy stolarskim warsztacie; w górnym tle izby na półkach widać naczynia kuchenne i wazon z lilią. Treścią rzeźby lewej jest chwila zgonu św. Józefa. Widzimy go na śmiertelnym łożu w obecności Jezusa i Maryi stojących po jego bokach i trzymających go za rękę. Są też obecni dwaj aniołowie, jeden u góry trzymający w rozłożonych rękach taśmę z napisem: „Wejdź do wesela Pana Twego”, a drugi obok Świętej Rodziny z ręką podniesioną w kierunku napisu, jakby wskazywał nań i zapraszał umierającego do nieba.
Inne przedmioty kultu w bocznej nawie to ścienne ołtarzyki św. Antoniego Padewskiego i św. Teresy od Dzieciątka Jezus; Uwagę odwiedzających kościół i boczną nawę przyciąga również duży rzeźbiony Krucyfiks, wiszący na jej prawej ścianie za środkowym przejściem obok wejścia na ambonę.
Szczególnych osobliwości religijnych czy artystycznych nawa boczna nie posiada. Spełnia przede wszystkim rolę duszpasterską jako miejsce słuchania spowiedzi – w niej właśnie znajduje się większość konfesjonałów. Cztery z nich wykonano w 1988 roku.
Kaplica św. Stanisława Kostki
Obecny kształt otrzymała w 1968 r. na jubileusz 400-lecia wstąpienia do zakonu i błogosławionej śmierci Patrona młodzieży (1550-1568). W zamyśle budowniczych miało to być obok pamiątki jubileuszu także młodzieżowe sanktuarium ku czci młodziutkiego, a dzielnego Polaka.
Marmurowy ołtarz z leżącą pod nim figurą Stanisława pochodzi z Krakowa, z kaplicy Domu Młodzieży Rękodzielniczej prowadzonego w okresie międzywojennym przez ks. Mieczysława Kuznowicza SJ, a zlikwidowanego przez władze Polski Ludowej. Figura jest naśladownictwem rzeźby naszego Rodaka znajdującej się w jezuickim kościele w Rzymie na Kwirynale, gdzie przeżył ostatnie miesiące w jezuickim nowicjacie i gdzie odszedł z tego świata z tęsknoty za niebem, oglądaniem chwały Wniebowziętej. Rzeźba robi wrażenie nagrobnej płyty; przedstawia św. Stanisława na łożu śmiertelnym: leży na prawym boku trzymając w rękach najdroższe swe religijne skarby; w prawej ręce Krucyfiks, a w lewej obrazek Madonny.
Olejny obraz św. Stanisława nad ołtarzem ma znacznie dłuższą historię i większą wartość zabytkową. Przez 350 lat odbierał religijną cześć w jezuickim kościele św. Piotra i Pawła we Lwowie, gdzie pojawił się w samych początkach XVII w. W powojennej repatriacji przewieziono go na tereny Polski Ludowej, by ostatecznie znalazł należne miejsce w nowosądeckim sanktuarium Matki Pocieszenia dla krzepienia i zapalania młodych serc. Jest malowany na płótnie rozpiętym na desce o rozmiarach 90×200 cm. Przedstawia Świętego na stojąco w jezuickiej czarnej szacie z rękami złożonymi do modlitwy, z oczyma skierowanymi ku górze, unoszącego się na złocistych obłokach, kryjących jego nogi, a więc w chwale nieba. W takiej może postaci ukazał się polskiemu rycerstwu pod Chocimiem jako zwiastun Bożej pomocy i zwycięstwa w toczonej nierównej walce z mahometańskimi Turkami. Na górnym tle obrazu widnieje jezuicki monogram IHS.
W gablocie z prawej strony ołtarza przechowuje się relikwię, kość z ręki św. Stanisława. Relikwiarz jest wotum młodzieży rękodzielniczej z krakowskiej „Bursy O. Kuznowicza” przy ul. Skarbowej, sprawionym na uczczenie dwusetnej rocznicy kanonizacji młodziutkiego Polaka w 1926 r.
Na lewej ścianie kaplicy widzimy nakreślone dwoma kolorami, białym i złocistym, dwie sceny z życia naszego Rodaka. Obydwie ze świeckiego jeszcze jego życia. Malowidło bliższe ołtarza odtwarza wydarzenie z jego studiów w jezuickim kolegium w Wiedniu. Wypadło mu wtedy zamieszkać w domu zagorzałego protestanta, który nie chciał dopuścić katolickiego kapłana z religijną posługą, gdy Stanisław poważnie zachorował. Komunię św. otrzymał wtenczas, jak widać na obrazie, w sposób cudowny, z rąk Anioła w towarzystwie Matki Najśw. z Bożym Dzieciątkiem, która mu zapowiedziała rychłe wyzdrowienie i poleciła zarazem, by wstąpił do zakonu Towarzystwa Jezusowego. Obraz drugi, dalszy od ołtarza, przedstawia Stanisława u kresu jego świeckiej kariery i mozolnej wędrówki do życia zakonnego, jak po ucieczce z Wiednia i po przewędrowaniu pieszo Austrii, Niemiec południowych i północnych Włoch przybył wreszcie do Rzymu, do generalnego domu jezuitów, i na klęczkach prosi o przyjęcie do zakonu ówczesnego naczelnego jego przełożonego, św. Franciszka Borgiasza. Na dalszym tle obrazu widnieje Matka Boża z Dzieciątkiem jako dwa największe umiłowania św. Stanisława i bezpieczni przewodnicy całej jego drogi życiowej i tej do zakonu, i tej do nieba. Obrazy zaprojektowała Luitgarda Wzorek, żona Zbigniewa, konserwatora krakowskiego.
Kaplica św. Anny
Minąwszy kaplicę św. Stanisława, wstępujemy do niewielkiej kaplicy św. Anny, pochodzącej z końca XVI wieku. Na uwagę w tej kaplicy zasługują: ołtarz z 3 obrazami, artystyczne relikwiarze po bokach ołtarza oraz chrzcielnica z prawej strony ołtarza z lat 60-tych zeszłego stulecia, gdy kościół Ducha Świętego przejął funkcje parafialne. Jest wykonana z kamienia, nakryta wiekiem w kształcie wieżyczki z miedzianej blachy i osadzona na marmurowej płycie.Ołtarz w swej podstawie jest murowany i obłożony marmurowymi płytami od 1972 r. Nastawa ołtarza jest drewniana, obfitująca w złocone elementy i ozdoby. Największą jego ozdobą jest obraz tzw. św. Anny Samotrzeciej zajmujący jego centrum i drugi, znacznie mniejszy obraz jego szczytu – Matki Bożej w owalu.
Obraz św. Anny – ma ciemne tło, ciemniejsze z lewej strony, a z prawej nieco rozjaśnione, przez które można dostrzec zarysy domu mieszkalnego, jego fasada z drzwiami – taka jest lewa strona tła – a na tle jaśniejszym widać stojące krzesło, balustradę lub płot z kolumienkami, drzewo liściaste i dach jakiejś szopy, w najdalszej zaś perspektywie słabo widoczny błękit nieba. Jest to chyba podwórzec nazaretańskiego domu Świętej Rodziny, Anny i Maryi, wraz z jego zabudowaniami, domem mieszkalnym i budynkiem gospodarczym, oraz częścią domowego dobytku. Na tym tle bliżej nieznany artysta umieścił trzy centralne postacie: św. Anny z lewej strony i Najśw. Panny z prawej, oraz Dzieciątka Jezus w środku. W obrazie szczególnie uderza ułożenie postaci względem siebie, ich zestawienie w jeden zespół, jakby w jedną nierozerwalną całość. W trójcy osób (stąd nazwa: Samotrzecia) rozmiarem góruje nad innymi św. Anna, przerasta je o głowę, ale najważniejsze wydaje się Dzieciątko, stanowiące niejako ogniwo łączące obie święte niewiasty, Matkę i Babcię, których spojrzenia, gesty i uczucia zwracają się właśnie ku Niemu mniej lub bardziej otwarcie. Św. Anna przymrużonymi oczyma spogląda z góry na głowę Wnuka, a poprzez Niego na Córkę tulącą Jego twarz do swego czoła, podczas gdy Jej zamyślone oczy patrzą w jakąś tajemniczą dal. Układ rąk Dzieciątka Jezus nadaje Mu kształt Ukrzyżowanego; prawa ręka wyciąga się w stronę św. Anny i dotyka jej prawej dłoni, a lewa ręka – skierowana w drugą stronę – chwyta się kołnierza sukni Matki i dotyka Jej szyi, Jej zaś lewa ręka dotyka Jego nogi. Wszystkie postacie są przedstawione w pozycji siedzącej i frontalnie, tylko głowa i twarz Madonny w lekkim lewym profilu. Kobiety mają nogi wzajemnie złączone. Pan Jezus siedzi na kolanie Babki, a nogami opiera się o kolana Matki. Jej czoło przesłoniło lewe Jego oko, a prawe jest gdzieś zapatrzone tak jak oczy matczyne. Najskąpiej odziane jest Dzieciątko. Jasna, biaława szata okrywa jedynie Jego prawą nogę, lewa noga i reszta ciała są obnażone. Obie niewiasty mają na głowach białe chustki. Chustka św. Anny jest zawiązana pod szyją, a Maryi z tyłu głowy w kształcie czepca. Reszta ich szat to suknia i płaszcz różniące się kolorem. Św. Anna ma suknię zielonawą, a płaszcz barwy kwiatu bzu, lila, płaszcz zaś Matki Najśw. jest niebieski, a suknia o różowo-rubinowym odcieniu z białym kołnierzem na szyi. U stóp świętych postaci u samego dołu obrazu widać koszyk z dwoma zwojami różnokolorowych tkanin, białej i szarej, służących zapewne za materiał dla ręcznych robótek kobiecych. Obraz św. Anny Samotrzeciej został namalowany na prostokątnej desce o wymiarach 125×75 cm. W swej długiej historii bywał przemalowywany ze swą szkodą, jak wykazały dokładne badania krakowskich artystów, Anny i Wiesława Szymborskich, w toku żmudnej konserwacji w r. 1963, kiedy starano się mu nadać pierwotny wygląd, usuwając szpecące nawarstwienia poprzednich niefortunnych poprawek. Nie jest znana dokładna data jego powstania, ale musiał już istnieć pod koniec wieku XVI, gdy dla niego urządzano kaplicę. O jego religijnej wartości i dużej cenie w oczach norbertanów i wiernych świadczy ta okoliczność że w pożarze w 1611 r. ratowano go z płonącego kościoła na równi z obrazem Matki Pocieszenia. Wota wiszące w nawie bocznej nadają mu znamię „laskami słynącego” nie tylko dawniej, ale i obecnie.
Obraz „Przemienienia Pańskiego” względnie „Chrystusowego Oblicza” – (Veraicon) znajduje się przed obrazem św. Anny, nieco poniżej, ale częściowo go zasłaniając. Jest to również obraz zabytkowy z pierwszej połowy XVII w., a na obecnym miejscu znalazł się dopiero po II wojnie światowej. Potocznie i popularnie nazywa się go Przemienieniem Pańskim, lecz faktycznie jest to wizerunek Oblicza Chrystusa, jak świadczy choćby napis łaciński u jego dołu: „Ne avertas faciem Tuam a me” (Nie odwracaj ode mnie Twojego oblicza – werset 9 z psalmu 26). Nazwę, jaka się przyjęła u ludzi, zawdzięcza pewnie swemu dużemu podobieństwu do czczonego w sąsiedniej kolegiacie św. Małgorzaty obrazu słynącego łaskami pod nazwą Przemienienia Chrystusa. Nie jest jednak jego kopią, różni się od niego kilku szczegółami, ale chyba w swych narodzinach w 1636 r., jak twierdzi napis w prawym dolnym rogu, miał na wzór tamten, który uchodzi za znacznie starszy, sięgający ponoć końca XIII stulecia. Nie wiadomo, czyjej artystycznej ręce i jakiej szkole go zawdzięczamy, ani jak się znalazł w jezuickim posiadaniu. Jest malowany na drewnie w kształcie prostokąta o bokach 60×80 cm.
Tzw. obraz Matki Bożej w owalu – znajduje się na samym szczycie ołtarza św. Anny jako jeden z jego szczegółów. Jest to popiersie Madonny, będące może częścią jakiejś większej całości. Nie ma bliższych danych o jego pochodzeniu, artyzmie i związkach z ołtarzem, z którym go zespolono. Maryja występuje na nim na podobieństwo tzw. orantki, czyli osoby wstawiającej się do Boga w potrzebach swoich czcicieli. Mówią o tym Jej ręce złożone do modlitwy.
Z kaplicy św. Anny wychodzi dwoje drzwi; jedne na prawo – do prezbiterium i wielkiego ołtarza, a drugie na wprost – do obszernej zakrystii.
