Dnia 7 X 1831 gubernium ofiarowało ponorbertański klasztor w Nowym Sączu na miejsce studiów dla jezuitów ze spalonego klasztoru w Tyńcu.
Kościół Św. Ducha, fundowany w 1400 roku, budowany przez wiele lat w stylu gotyckim. Spalił się częściowo w pożarze w 1611. Zniszczoną nawę główną (pierwotnie jedyną) odbudowano w stylu renesansowym. Gotyk zachował się wyłącznie w ocalałym prezbiterium. Po kasacie norbertanów w 1784 kościół został zamieniony na wojskowy magazyn prowiantowy, a ołtarz główny z obrazem Matki Boskiej Pocieszenia zabito deskami. Kościół i klasztor zostały przekazane jezuitom 10 II 1832, jezuici przebywali tu jednak już od września 1831. Kościół konsekrował ponownie 10 VI 1832 bp Franciszek Pisztek, odnowiono go w latach 1833-1834.
Kolegium jednopiętrowe z fundacji Jagiełły dla norbertanów z 1409, zostało rozbudowane przez jezuitów w l. 1840-1844 poprzez dodanie trzech skrzydeł. W kolegium mieściło się od 1832 studium teologii, a od 1846 również studium filozofii dla kleryków jezuickich. Jezuici prowadzili pracę duszpasterską, wprowadzili kazania wielkopostne i rekolekcje. W 1839 roku za zgodą gubernium erygowano Sodalicję Mariańską. W klasztorze klarysek w Starym Sączu udzielali dorocznych rekolekcji.
Dekretem banicyjnym cesarza Ferdynanda z 8 V 1848 jezuici zostali usunięci z monarchii austriackiej.
Po siedmiu latach reskryptem gubernatora Gołuchowskiego z 5 VII 1853 i 25 VII 1853 przywrócono jezuitom zarząd kościoła, mieszkania dla 5 zakonników, pensję i młyn. Jezuici utworzyli tu rezydencję i oddawali się głównie duszpasterstwu.
W 1895 otwarto w kolegium studia filozoficzne dla kleryków jezuickich. W 1901 zakupili majątek w Zabełczu i urządzili w nim willę wypoczynkową dla profesorów i seminarzystów. W 1905 jezuici nabyli ostatecznie na własność ponorbertański kościół, klasztor i ogród. W 1922 otwarto Małe Seminarium dla kandydatów do zakonu. Po przeniesieniu filozofii do Krakowa w 1926 część budynku przeznaczono na Dom Sodalicyjny, poszerzono też Małe Seminarium. Początkowo przyjmowano po 10 uczniów, a w 1927 po jego poszerzeniu liczyło już 51 alumnów. Corocznie kilku seminarzystów wstępowało do zakonu.
Do 1950 działały przy kościele Sodalicje Mariańskie. Od 1904 istniała osobna Kongregacja Mariańska dla robotników kolejowych. Dom Sodalicyjny, zbudowany w l. 1932-36, otwarty w 1936, stanowił osobny gmach, położony poza zespołem zabudowań klasztornych, posiadał wtedy największą w mieście salę teatralną.
Podczas II wojny światowej rezydencję przekształcono w kolegium ze studiami filoz. 1939-45 i studiami teol. dla części kleryków 1940-43. Mimo okupacji studia odbywały się bez większych trudności. Po wojnie przeniesiono w 1946 studia filoz. do Krakowa i dom zakonny został ponownie rezydencją z Małym Seminarium.
12 XII 1950 utworzono przy kościele jezuickim parafię. 5 II 1950 upaństwowiono majątek w Zabełczu. Również w 1950 Dom Sodalicyjny został zajęty przez Związek Spółdzielni Spożywców, który wielką salę teatralną przebudował na pokoje; zabrano również starszą część domu i ogród, oddając je na użytek Zakładu Opieki Społecznej (dom starców). 2 III 1951 upaństwowiono młyn. 3 VII 1952 zlikwidowano ostatecznie Małe Seminarium. 10 VIII 1963 kard. Stefan Wyszyński dokonał koronacji cudownego obrazu. Praca koncentruje się nadal głównie na duszpasterstwie parafialnym, obsłudze sanktuarium maryjnego, katechizacji szkolnej i opiece nad stowarzyszeniami katolickimi. Po 1990 r. odzyskano dawny Dom Sodalicyjny, znaczną część majątku w Zabełczu, część ogrodu i młyn, który uruchomiono w 1994. W 1992 w odzyskanym Domu Sodalicyjnym otwarto bursę dla chłopców ze szkół średnich i podjęto pracę wychowawczą. By dzieło to mogło się rozwijać, budynek gruntownie wyremontowano i oddano do ponownego użytku w roku 2013.
Duszpasterstwo polega obecnie, obok sprawowania Mszy św., na głoszeniu kazań i słuchaniu spowiedzi (stałe dyżury). Rozwija się kult Matki Bożej Pocieszenia poprzez środowe nowenny, liczne nabożeństwa maryjne oraz ruch pielgrzymkowy. Działa Apostolstwo Modlitwy, prężnie funkcjonuje Żywy Różaniec (w 24 Różach). Praktykowane są nabożeństwa do Bożego Miłosierdzia (w poniedziałki) i do Ducha Świętego (we wtorki). Pracę charytatywną prowadzi parafialne Koło Caritas. Tradycję nauczania podjęło Jezuickie Centrum Edukacji, otwarte w odzyskanej części Domu Zakonnego w 2004. Początkowo tworzyły je Gimnazjum i Liceum Akademickie Jezuitów. W 2012 ofertę poszerzono o Przedszkole Carissimus, a w 2017 r. o Szkołę Podstawową. Ponadto, od 2013 r., także starsze pokolenia mogą poszerzać wiedzę na utworzonym przy Akademii Ignatianum Uniwersytecie Drugiego i Trzeciego Wieku, którego wykłady odbywają się w Bursie Księży Jezuitów.
