Wielki ołtarz
Stanowi on oprawę Cudownego Obrazu. Obecny kształt architektoniczny w stylu neogotyckim otrzymał w 1890 r., kiedy go wzniesiono na miejscu poprzedniego neoromańskiego, żeby harmonizował z gotyckim prezbiterium. W samym jego środku, nieco przed Cudownym Obrazem, widać pustą złoconą ramę. W niej właśnie mieścił się obraz dawniej. Obecnie cofnięto go do tylu i umieszczono w murowanej wnęce w tylnej ścianie prezbiterium, zamykanej ruchomą metalową zasuwą. Uczyniono tak dla lepszego jego zabezpieczenia w razie pożaru.
Po obu stronach Cudownego Obrazu znajdują się figury św. Piotra (z kluczami) i św. Pawła (z mieczem), sprowadzone z Tyrolu. Poniżej na wysokości tronu wystawienia Najświętszego Sakramentu są malowidła dwóch biblijnych scen: Zwiastowania i Ofiarowania Pana Jezusa w świątyni, a po ich bokach postacie czterech ewangelistów z ich symbolami. Jeszcze niżej nad samą mensą ołtarzową w tzw. predelli z obu stron tabernakulum ozłoconego i opancerzonego mieszczą się zaszklone nisze z różnymi relikwiami. Pod mensą ołtarza rolę antepedium spełnia piękna płaskorzeźba z drzewa z 1893 r., przedstawiająca „Wieczerzę Pańską”.
Przed ściennym ołtarzem wielkim znajduje się dodatkowy nowy ołtarz z ambonką, wykonany według zasad odnowionej liturgii na Soborze Watykańskim II. Dla jego potrzeb podniesiono o trzy stopnie posadzkę prezbiterium podług projektu inż. Zbigniewa Lewczuka z nowosądeckiego skansenu. W 1984 r. sporządzono też okazałe krzesła dla koncelebrujących kapłanów.
Prezbiterium
Jest to pozostałość z pierwotnego gotyckiego kształtu świątyni, ocalała w wielkim pożarze w 1611 r., kiedy to reszta sklepienia nawy głównej runęła, a odbudowano ją w stylu renesansowym. Drzwi wiodące od wielkiego ołtarza do zakrystii przez kaplicę św. Anny nie są stylowo zharmonizowane z gotyckim prezbiterium. Na obu ścianach w środku prezbiterium wiszą pojemne zaszklone gabloty z setkami darów dziękczynnych za wysłuchane prośby (wota). Są to widome znaki niewyczerpanej hojności Matki Pocieszenia i skuteczności zanoszonych do Niej modłów. Wota pochodzą z czasów jezuickiej opieki nad sanktuarium. Wcześniejsze – również liczne, jak podają zachowane spisy – z norbertańskiego okresu trafiły do skarbca austro-węgierskiej monarchii po kasacie sądeckiego opactwa.
Dalsze wyposażenie nawy głównej
Składa się na nie po prawej stronie nawy, idąc od wielkiego ołtarza ku chórowi: ambona, ścienny obraz „Mistyczne zaślubiny bł. Józefa Hermana” nad środkowym przejściem do nawy bocznej, ołtarz Świętego Krzyża z Krucyfiksem, obraz św. Maksymiliana Kolbego na ostatnim filarze, a z jego drugiej strony, pod chórem obrazy Miłosierdzia Bożego i św. Jana Pawła II z jego relikwiarzem; z prawej zaś strony – dwa ołtarze o bliźniaczym wystroju architektonicznym, Najświętszego. Serca Jezusowego i św. Andrzeja Boboli, a na filarze przed chórem obraz „Chrystusa Oświęcimskiego”; wreszcie Stacje Drogi Krzyżowej porozmieszczane w odstępach na obydwu ścianach nawy głównej wraz z prezbiterium od prawej strony wielkiego ołtarza poczynając, a kończąc na lewej.
Ambona ma budowę dość prostą. Na jej szczycie stoi Chrystus jako Dobry Pasterz, na dolnej płycie baldachimu widnieje symbol Ducha Świętego, a na ścianie nad drzwiami na ambonę – jezuicki monogram IHS. Obecnie ambona jest praktycznie nieużywana; kazania głosi się od pulpitu-ambonki Słowa Bożego przy wielkim ołtarzu.
W ołtarzu Świętego Krzyża znajduje się dużych rozmiarów rzeźba Ukrzyżowanego Chrystusa z połowy XIX wieku, a pod nim, za szkłem, relikwiarz św. Joanny Beretty Molli, włoskiej lekarki, matki czworga dzieci, kanonizowanej w 2004 r. przez Jana Pawła II.
„Chrystus Oświęcimski” – taka utarła się nazwa – to jeden z obrazów wiszących na lewym filarze przed chórem, zwrócony do wnętrza nawy. Jest to malowidło nowoczesne (z 1972 r.) pędzla Władysława Florka z Nowego Sącza, wykonane na wzór obrazu, jaki się znajduje w kościele parafialnym w Kościelisku koło Zakopanego. Tekst dołączony do obrazu głosi, że kościeliski oryginał namalował ukradkiem włoski obozowiec w Oświęcimiu, a po jego śmierci w obozie obraz wzięli pod opiekę współwięźniowie, wśród których był też późniejszy proboszcz kościeliski, ks. Adam Zięmba. Obraz przedstawia Ukrzyżowanego Chrystusa w męce konania na lic kolczastych drutów, wież strażniczych i krematoryjnych płomieni, przepasanego obozowym pasiakiem. Oplecioną cierniem głowę okala hebrajski napis: Eli, Eli, lema sabachthani – Boże mój, Boże mój, czemuś mnie opuścił?! Na górnej belce krzyża zamiast Piłatowego napisu: „Jezus Nazareński, król Żydowski” widnieje biały trójkąt z literą „P” symbolem polskiego więźnia, i tabliczka z liczbą 25 milionów, podająca ilość ofiar obozu.
Znawcy warunków i realiów oświęcimskiego obozu są zdania, że obraz nie oddaje ich wcale i że jego powstanie w obozie oświęcimskim jest czyimś zmyśleniem. Malowidło musiało powstać po wojnie i wyjść z ręki kogoś podszywającego się pod obozowca, a nie znającego dokładnie obozowej sytuacji w Oświęcimiu, wymysłem jest choćby biały trójkąt. Takiego w obozach hitlerowskich nie było nigdzie.
Wszystkie trzy boczne ołtarze w nawie głównej mają kształt i wystrój podobny. Po ich bokach stoją figury Aniołów i wiszą gabloty z wotami na dowód, że mają swych czcicieli i cieszą się ich zaufaniem. Obecnie wyszły z liturgicznego użytku.
Obraz św. Maksymiliana Kolbego z obozowymi znamionami znajduje się na filarze filarze po lewej stronie ołtarza Krzyża św. Pochodzi on z tego samego czasu i z tej samej ręki co „Oświęcimski Chrystus”. Widzimy na nim „Szaleńca Niepokalanej” na tle koszmarnej rzeczywistości oświęcimskiej w więźniarskim pasiaku z wymalowanym na nim jego obozowym numerem 16670 i czerwonym trójkątem z literą „P” powyżej, świadectwem rodzaju jego przestępstwa i ponoszonej kary. Winą jego była polskość i rzekome zajmowanie się polityką, działanie na szkodę okupanta. Liczne wota otaczające stosunkowo niedawny obraz mówią o wielkiej popularności naszego Patrona i o dużej skuteczności modłów zanoszonych do Boga przez jego wstawiennictwo.
Obraz Bożego Miłosierdzia znajduje się na ostatnim filarze od strony chóru. Ma on ścisłe związki z religijnymi przeżyciami (objawieniami) kanonizowanej w 2000 r. siostry Faustyny Kowalskiej (1905-1938) ze zgromadzenia sióstr Matki Bożej Miłosierdzia (zwanych potocznie „magdalenkami”). Widać na nim Pana Jezusa w postawie stojącej na obłokach, w biało-szarej szacie, z prawą ręką wzniesioną w geście błogosławieństwa, a lewą wskazującą na swe niewidoczne Serce, z którego wychodzą i rozchodzą się szeroko dwa snopy promieni w dwu barwach, białej i czerwonej, symbolizujące wodę i krew, które wypłynęły z przebitego boku Chrystusa jako cena naszego Odkupienia. Na dole obrazu napis: „Jezu, ufam Tobie!” Tło obrazu jest błękitne. Pod tym obrazem w roku 2014 zainstalowano relikwie wielkiego czciciela Miłosierdzia Bożego, św. Jana Pawła II. Obok umieszczono także jego obraz.
Ołtarz z obrazem św. Andrzeja Boboli – to jeden (bliższy chórowi) z dwu bocznych ołtarzy po prawej stronie nawy głównej. Upamiętnia on polskiego jezuitę z XVII w., Apostoła Pińszczyzny, Męczennika uśmierconego za wiarę i jedność Kościoła z rąk kozackich w 1657 r., którego ogłoszono błogosławionym w połowic XIX w., a świętym w r. 1938. Budzi religijne uwielbienie i zdumienie zarówno niezwykłe okrucieństwo jego męczeństwa jak i barwna historia jego umęczonego ciała, zachowanego cudownie po dziś dzień, które wielokrotnie wędrowało niemal przez całą Europę, od Janowa Poleskiego, miejsca męczeństwa, przez Pińsk, Połock, Moskwę, gdzie po Rewolucji Październikowej przebywało przez pewien czas w muzeum ateizmu jako dziwny okaz, do Rzymu, skąd po kanonizacji powróciło do Polski, by ostatecznie spocząć na stale w jezuickim kościele pod wezwaniem św. Męczennika przy ul. Rakowieckiej w Warszawie na Mokotowie.
Ołtarz i obraz Najśw. Serca Pana Jezusa, drugi boczny z prawej strony w kierunku prezbiterium. Ołtarze takie są popularne i na ogół obecne w jezuickich kościołach. Tutejszy obraz pochodzi z jezuickiego kościoła w Tarnopolu na Podolu. Przewieziono go stamtąd w czasie powojennej repatriacji. Jego malarska treść jest ogólnie znana. Przedstawia stojącego Chrystusa z uwidocznionym na piersi Sercem, na które wskazuje lewą ręką, podczas gdy prawa ze znamieniem przebicia otwiera się ku dołowi. Serce nosi na sobie symbole męki: otwartą ranę i okalający je wieniec cierniowy. Z jego szczytu wychodzi snop jasnych płomieni, znak wielkiej, nigdy nie stygnącej miłości. Taki obraz Swojego Serca objawił Pan Jezus św. Małgorzacie Marii Alacoque, francuskiej wizytce w II połowie XVII wieku. Wypowiedział wówczas znane nam dziś słowa: „Oto Serce, które tak bardzo umiłowało ludzi…” Obecność ołtarza i obrazu Jezusowego Serca w jezuickim kościele wynika ze zleconej jezuitom w czasie tamtych objawień misji pielęgnowania i propagowania nabożeństwa do tegoż Bożego Serca.
Stacje Drogi Krzyżowej wiszą na obu ścianach nawy głównej. Są to olejne obrazy na płótnie sprowadzone z Wiednia w 1878 roku.
W prawej ścianie głównej nawy mieszczą się dwa boczne przejścia z kościoła na dziedziniec kościelny. Charakter zabytkowy ma przejście bliższe chóru. Jest obramowane portalem wykutym z kamienia z wyrytym na nim łacińskim napisem, który znaczy po polsku: „Błogosławiony ten dom, w którym panuje Jezus. Takich drzwi strzeże pokój i bezpieczeństwo”. Pod napisem data: 1731.
Na chórze nad głównym wejściem do świątyni znajdują się niewielkie organy firmy Riegera z Czechosłowacji z 1933 r.
Pod chórem w środku ściany zamykającej główną nawę znajduje się główne wejście do niej, łączące ją z kruchtą kościelną, która nieco przedłuża świątynię. Otwór wejściowy jest obramowany portalem z czarnego marmuru z czasów norbertariskich; jest to ostatni wkład kanoników regularnych św. Norberta w upiększenie kościoła. Świadczy o tym tablica nad portalem z łacińskim napisem następującej treści: „Ostatnią ozdobę kościoła położył Jan Paweł Lassota (Szczkowski) w XVIII w. Opat Sądecki – zstąpił do grobu R. P. 1781, dnia 25 sierpnia. Módlmy się za niego”.
Kruchta na przedłużeniu nawy głównej
Urządzili ją jezuici w pierwszym roku niepodległej Polski, aby powiększyć przestrzeń kościoła. Środkową i największą przestrzeń tylnej ściany przedsionka zajmuje malowidło z uroczystości koronacji Cudownego Obrazu w 1963 r., przedstawiające najważniejszych jej uczestników. W górnym tle ponad osobami widać w środku podobiznę ukoronowanego obrazu Matki Pocieszenia, a z obydwu jego stron sylwetki dwóch kościołów, z lewej strony tutejszej świątyni, a z prawej kościoła Matki Bożej Bolesnej w Zawadzie pod Sączem, gdzie ze względu na ówczesne stosunki polityczne odbył się obrzęd koronacji.
Z kruchty wiedzie trzecie, główne wyjście z wnętrza świątyni na jej zewnętrzny dziedziniec.
